La porta che accede al convento e alla sacrestia si apre sull'antico "chiostro dei morti", completamente ristrutturato nel '600.
La prima porta a destra introduce alla sacrestia, dove risaltano mobili di pregevole fattura risalenti al '600.
Seguono la Sala cateriniana (adibita a cappella invernale), dove si conserva il presunto drappo di Lepanto e sette lunette del lorenese Ch.Dauphin (†1677) che rappresentano scene dell'antico testamento.
In fondo al corridoio, sempre sulla destra, un salone, già aula universitaria, dove venivano conferite le lauree in medicina. Qui un affresco ritrae San Tommaso d'Aquino, il Doctor Communis, che probabilmente risale al XVII secolo.
In basso vediamo l'ingrandimento di una lapide, murata nel corridoio che si apre sulla sinistra (non visibile nella foto in alto) nel quale la "Società dei Quaranta"puntualizza che il restauro del pavimento (1779) è stato completato grazie al loro contributo (esisteva al tempo anche un'altra confraternita rivale, che aveva iniziato il restauro, ma per mancanza di fondi aveva dovuto chiedere aiuto ai "Quaranta" per completare il lavoro).